JETプログラムは世界で最大規模の国際交流プログラムです。一般財団法人自治体国際化協会、総務省、外務省、文部科学省などの協力の下で拡大しました。
一般財団法人自治体国際化協会（CLAIR)は総務省・外務省・文部科学省と協力してJETプログラムを実施しています。CLAIRは、地域における国際化を支援・推進するための地方公共団体の協同組織として昭和63年７月に設立されました。
JETプログラムを通じて、外国語指導助手（ALT）、国際交流員（CIR)およびスポーツ国際交流員（SEA）が招致され、日本と諸外国との相互理解の増進と、地域の国際化の推進に資することを目的としており、日本各地の地方公共団体等に配置されています。
CLAIRは、地方公共団体・JET参加者双方にとってJETプログラムをよりスムーズに運営するために、取りまとめ団体･任用団体・JET参加者本人に対して助言や指導を行います。
CLAIRは任用団体やJET参加者を対象として、任用団体用マニュアルや質疑応答集等のハンドブックなどを発行するとともに、オリエンテーションやカウンセリング等各種研修の企画・実施をしています。CLAIRには、JETプログラム経験者である外国人スタッフ（PC:プログラム･コーディネーター）が13名配置されています。そのうち９名はCLAIRのJETプログラム事業部に配置されており、JET参加者からの日本での職務や生活についての相談に応じます。
CLAIRのJETプログラム事業部の主な役割は次の通りです：
- 選考に関する関係省庁の連絡調整
- 参加者の地方公共団体等へのあっせん、配置
- 事業に関する広報活動
- 地方公共団体に対する助言、指導
- 参加者へのオリエンテーション及び各種研修の企画、実施
- 参加者の赴任時の渡航調整
- 研修資料の作成
- 各種ハンドブックや機関誌等の発行
- 日本語講座の実施
総務省は各地方自治体の配置要望を取りまとめ、外務省、文部科学省、自治体国際化協会と協議のうえ、国別の招致人数を定めた国別招致計画を策定します。
また、参加者の報酬、旅費等JETプログラムの所要財源を地方交付税において措置します。
外務省は国別招致計画に基づき、在外公館を通じて、JETプログラムについての宣伝や、参加者の募集・選考の業務、合格者の配置先の報告などを行います。
在外公館は新規JET参加者に、日本の生活についての重要な情報を提供しています。新規JET参加者が来日に向けての十分な準備が出来るように来日前オリエンテーションが実施されます。
また、JET参加者がJETプログラムを修了し、帰国したあとにおいても、ウェルカムレセプションを開催するほか、JET同窓会（JETAA）と共同で日本とのつながりが続いていくよう活動しています。
外務省は総務省と文部科学省と自治体国際化協会と協力し、JETプログラムを通じ日本に関する文化的や社会的なものの意識を高めようとしています。
文部科学省は教育を管轄する省庁であり、国の基本的な学習指導方針を決定します。
JETプログラムにおいては、各種のオリエンテーションやセミナーにおいて、外国語指導助手（ALT）を対象に学校教育研修や指導及び助言を行っています。
ALTは、文部科学省を含む三省及びCLAIRと直接意見交換をすることができます。意見交換会は２年に１度行われます。
文部科学省の基本的な役割は学校でのカリキュラムを立て、製作を実行し、教科書や教育の基準を決定することです。
